Основы инструментальных методов

11 Сентября 2018

Основы инструментальных методов

Преподаватель: Зыкин Павел Александрович ( pavel.zykin AT spbu.ru )

В лекциях использованы материалы с сайтов en.wikipedia.org , www.youtube.com , microscopy.fsu.edu , www.microscopyu.com , www.invitrogen.com .

Презентации и материалы лекций

Рекомендуемая литература

Основная

1. http://microscopy.fsu.edu/primer/ - обучающие материалы по световой микроскопии
2. iBiology microscopy video course - Видеокурс по оптической микроскопии
   
3. http://www.microscopyu.com - обучающие материалы по микроскопии
4. http://www.macbiophotonics.ca/imagej/ - Обучающие материалы по работе с программой ImageJ
5. Murphy D.B. Fundamentals of Light Microscopy and Electronic Imaging / D.B.Murphy .- New York: john Willey & Sons,LTD, 2001 .- 368 p. [PDF (password protected):  PDF ( 4519 Kb ) ]
6. Davidson M., Abramowitz M. OPTICAL MICROSCOPY [ microscopy.pdf]
7. Демонстрация принципа Аббе http://vimeo.com/2150123

8. Ричард А. Джонс, Йон Квернесс, Петер А. Ринк, Тимоти Е. Сатон, Магнитный резонанс в медицине, 1993 г. (Link) (Link2)

9. 
   

    

Дополнительная (рекомендуемое)

1. http://probes.invitrogen.com/handbook/ - справочник по флуоресцентным методам
   
2. http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/support/Research-Tools/Fluorescence-SpectraViewer.html - База данных по спектрам различных флуорохромов
3. Hibbs A.R. Confocal Microscopy for Biologists / A.R. Hibbs .- : Springer, 2004 .- 467 p.
4. Ромейс Б. Микроскопическая техника. Иностранная литература, Москва, 1953
5. Зыкин П.А, Краснощёкова Е.И., Ткаченко Л.А. Задачи для практикума по конфокальной микроскопии. Изучение развития пирамидных клеток коры мозга млекопитающих на ранних этапах онтогенеза. СПбГУ, СПб, 2009. - 65 с. [ Методичка.pdf ( 12015 Kb ) ]
   
6. Список рассылки по вопросам флуоресцентной и конфокальной микроскопии: http://lists.umn.edu/cgi-bin/wa?A0=CONFOCALMICROSCOPY
7. 
   

Методички по использованию оборудования

1. Методические указания по использованию прибора Leica-SP5.pdf
2. Методические указания по использованию прибора Zeiss_Cell_Observer_SD.pdf
3. Методические указания по использованию прибора Tescan MIRA3
   
4. Методические указания по использованию прибора Jeol JEM-2100
   
5. Методические указания по использованию прибора Jeol JEM-1400
   

Дополнительная по теории микроскопии

1. Handbook of Biological Confocal Microscopy Pawley, James B. (Ed.) 3rd ed., 2006, XXVIII, 988 p.

Программное обеспечение

1. ftp://ftp.llt.de/softlib/LAS_AF_Lite/ - дистрибутив Leica LAS AF Lite
2. http://rsbweb.nih.gov/ij/ - программа для работы с изображениями (морфометрия, дензитометрия) имеет богатые возможности благодаря дополнениям (plug-ins)
3. http://pacific.mpi-cbg.de/wiki/index.php/Main_Page - программа, основанная на ImageJ, в которую включены многие полезные дополнения (plug-in)
   
4. Abramoff M.D. Image Processing with ImageJ / M.D. Abramoff, P.J. Magelhaes, S.J. Ram // Biophotonics International. - 2004 - V.11, N7. - P.36-42.
5. http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html - дополнение (plug-in) для работы с пакетами изображений, полученных с конфокального микроскопа
6. http://www.inkscape.org/ - программа для работы с векторной графикой (схемы, диаграмы)
7. http://www.gimp.org/ - программа для работы с растровой графикой
8. http://synapses.clm.utexas.edu/tools/index.stm - программа для трёхмерной реконструкции по серии срезов
   
9. Fiala J.C. Reconstruct: a free editor for serial section microscopy / J.C. Fiala // J. Microscopy. - 2005 - V.218. - P.52-61.
10. http://www.svi.nl/ - коммерческий пакет для работы с микроскопическими изображениями. Можно получить временный ключ для работы.
11. http://www.xuvtools.org/doku.php?id=start - бесплатная программа для монтажа нескольких полей зрения в одну панораму